2026년 정부 세제개편(안) - 관세 관련 주요 개정사항

재정경제부는 2026.8.3. “2026년 세제개편안”을 발표하였습니다. 이 후속조치로 정부는 관련 11개 세법개정안에 대한 입법예고를 하였고 향후 국무회의를 거쳐 9월초에 정기국회에 제출될 예정입니다.

이 뉴스레터에서는 금번 세제개편안 중 관세 실무와 직접 관련된 주요 항목을 발췌하여 그 분석 기사를 보내드립니다. 

I.    할당관세 집중관리품목에 대한 관리 강화

1.    개정안

금번 개정안은 할당관세 집중관리품목에 대한 관리를 대폭 강화하는 내용을 담고 있습니다. 주요 내용은 다음과 같습니다.

*    위 개정 규정은 모두 2027.1.1. 이후 보세구역 등에 반입하거나 명령하는 분부터 적용

2.    시사점

이번 개정안은 관세청이 하반기 물가·환율 안정화 과제로 추진하는 할당관세 품목의 신속한 반출·유통 및 보세구역 내 매점매석 방지 기조를 제도화한 것으로 보여집니다. 

해당 품목을 수입하는 기업은 보세구역 반입 후 20일의 신고기한과 상향된 가산세 한도를 고려하여 수입신고·통관 일정을 재점검하고, 반출명령에 대비한 재고·반출계획 및 내부 승인절차를 마련할 필요가 있습니다. 

특히 장기 장치나 유통 지연의 사유가 명확히 관리될 수 있도록 품목별 재고현황과 반출·유통 자료를 체계적으로 관리하는 등 선제적인 컴플라이언스 체계를 구축할 필요가 있습니다.

II.    관세 성실신고확인제도 도입

1.  개정안

관세법에 성실신고확인제도가 새로이 도입됩니다. 이는 내국세(소득세법)의 성실신고확인제도를 관세 분야에 도입한 것으로, 일정 규모 이하의 수입자가 관세사 등 전문가의 확인을 거쳐 수입신고의 적정성을 사후적으로 검증받는 제도입니다.

(1)    대상: 성실신고확인을 받으려는 과세연도의 직전 과세연도말 기준 수입금액 3천만 달러 미만인 자 중 신청자이며, AEO(수출입안전관리 우수업체)는 제외됩니다.
(2)    신청 및 유효기간: 성실신고확인을 받으려는 과세연도 종료일 2개월 전까지 신청하여야 하며, 유효기간은 5년이고 5년 단위로 재신청이 가능합니다.
(3)    확인 내용 및 절차: 매 과세연도 수입신고 물품의 과세가격·품목분류 등 세액산정의 적정성을 관세사 등이 확인하며, 확인서는 과세연도 종료일 이후 3개월까지 제출합니다.
(4)    혜택: 수입물품 검사 축소·생략 등의 혜택이 부여되고, 확인결과에 따라 세액정정 시 보정기간 내 보정으로 간주하여 가산세가 감면됩니다.
(5)    제재: 확인서 미제출 시 500만원 이하 과태료가 부과되며, 관세사 등이 거짓·부실 확인서를 작성한 경우 관세사법상 징계가 가능합니다.

2.  시사점

성실신고확인제도는 수입규모가 크지 않은 중소·중견 수입업체가 관세 리스크를 사전에 점검하고 통관 편의를 활용할 수 있는 제도적 수단입니다. 

관세행정 전 분야에 AI·데이터 분석을 접목하는 정책 전환이 진행되는 만큼, 과세가격·품목분류·거래자료를 일관되게 관리하고 관세사의 확인에 필요한 증빙을 상시 정비하는 것이 중요합니다. 

확인서 미제출 시 과태료가 부과되므로, AEO 인증을 받지 않은 수입금액 3천만 달러 미만 기업은 신청기한과 확인서 제출기한을 내부 통관·세무 일정에 반영하여 제도 참여 여부를 적극 검토할 필요가 있습니다.

III.    관세 가산세·징수제도 정비

1.  개정안

2.  시사점

특수관계자 간 거래물품에 대한 과세가격 결정방법 사전심사와의 형평을 고려하여 일반 사전심사 결과에 따른 수정신고까지 가산세 감면사유로 확대하였습니다. 

기업은 사전심사 결과를 받은 후 2개월 내 수정신고 여부와 절차를 즉시 검토할 수 있도록 세관·세무·무역 부서 간 대응 프로토콜을 마련할 필요가 있습니다. 

아울러 입국자 휴대품 담배 관련 최저한 적용 제외는 여행자 및 면세사업자도 유의할 사항입니다.

IV.    관세 감면 및 수입 관련 세제지원 정비

1.    개정안

2.    시사점

이번 감면 및 세제지원 규정 정비는 적용 품목별로 세부담에 미치는 영향을 달리하므로, 해당 물품을 수입하는 기업은 감면 종료·적용기한과 수입일정을 함께 점검하여 원가 및 공급계획을 재정비할 필요가 있습니다. 특히 산업기술 연구개발용 물품과 신·재생에너지 기자재를 수입하는 기업은 감면 종료 전에 필요한 수입을 앞당길지, 대체 조달이나 비용 반영을 할지 검토하고 관련 증빙을 구비해야 합니다. 

반면 금지금, 충청권 하계세계대학경기대회 및 농어업용 기자재 관련 지원은 해당 요건을 충족하는 사업자의 수입 부담을 완화하고 수출입 경쟁력에도 영향을 미칠 수 있으므로, 적용요건 및 기한을 사전에 확인할 필요가 있겠습니다.

V.    수출입 위험관리 및 단속권한 강화

1.    개정안

2.    시사점

이번 개정안은 관세청이 하반기에 추진하는 ‘초국가 범죄 차단 및 AI 기반 관세행정’의 정책 방향을 반영하기 위해 제도화하는 것으로 보여집니다. 

산업기술을 포함한 보호대상 확대, 유해물품·총포류 정보 요구, 공항·항만 출입자 정보 및 관계기관 시스템 연계는 통관 단계의 위험 선별과 기관 간 정보공유를 강화하려는 조치입니다. 

수출입기업과 물류업체는 보세운송 명의 사용, 원산지·품목분류, 산업기술·유해물품 관련 허가 및 증빙을 사전에 점검하고, 정보 요청에 대응할 담당자와 자료 보존체계를 마련할 필요가 있습니다. 

특히 국가핵심기술 보유기업은 수출 적법성과 보안절차를 재점검하고, 수출통관 데이터를 표준화·관리하여 불필요한 통관지연 및 법적 리스크를 줄일 필요가 있겠습니다.

VI.    포상금 및 체납관리 제도 개편

1.    개정안

2.    시사점

관세청은 포상금 지급대상 확대와 체납자 은닉재산에 대한 신고 유인을 강화하여 단속의 실효성을 높이고자 제도화한 것으로 보여지고, 이러한 추세는 향후에도 지속될 것으로 보여집니다. 

VII.    맺음말

이번 세제개편안은 개별 세목의 부담 조정에 그치지 않고, 관세청이 하반기에 추진하는 무역기반 재정·금융범죄(TBFC) 종합 방지·단속체계, 할당관세 품목의 신속한 반출·유통 및 보세구역 내 매점매석 관리, 불법 외환거래 단속, AI 기반 관세행정 전환, 마약·총기 밀반입 및 국산둔갑 우회수출 등 초국가 범죄 차단과 공정한 수출 생태계 조성이라는 정책방향과 맞물려 수출입기업의 컴플라이언스 범위를 넓힐 것으로 예상됩니다. 

따라서 기업에서는 ① 수출입 실적·원산지·거래가격 등이 정부지원사업·공공조달·IPO 및 외환거래와 연계되는 경우 TBFC 및 불법 외환거래 리스크를 사전 점검할 필요가 있습니다. 

② 할당관세 수혜 품목의 통관 후 재고관리·신속 반출·유통 절차를 숙지, 확인하여야 하며, 
③ 수출입 신고자료와 관련 증빙의 정합성을 상시 점검할 수 있는 체계도 갖추어야 합니다. 
④ 산업기술·유해물품·총포류 등 초국가 범죄 및 수출 관련 항목의 적법성을 점검하여 공정한 수출 생태계에 대응하는 등 선제적인 컴플라이언스 체계를 구축할 필요가 있습니다. 

위 내용은 재정경제부에서 발표한 세법개정안 보도자료 및 2026년 세제개편안 상세본을 활용하여 법무법인(유한) 태평양 관세팀에서 자체 분석한 결과를 토대로 작성한 것입니다. 위 분석기사 중에 궁금한 점이 있거나 저희의 도움을 요청할 부분이 있다면 언제든지 연락주시기 바랍니다.

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법무법인(유한) 태평양은 관세, 외국환 및 무역 분야에서 20년 이상 업무경험을 쌓은 전문가들이 다수의 관세조사 외환검사 및 통상자문 등의 업무를 수행하고 있습니다. 또한 관세와 연관된 법률, 회계, 형사, 외환 전문가와 기업컨설팅 경험이 풍부한 전문위원이 실무 업무를 대응합니다. 

여러 기업의 다양한 사례를 토대로 업무 경험과 노하우를 축적하였으며, 탁월한 전문성과 풍부한 실무경험을 토대로 고객들께 실무 맞춤형 해답을 제공하고 있는 바, 관세 외환 및 통상 분야 전반에 관련한 문의사항이 있으시면 언제든지 연락 주시기 바랍니다.

저자: 주성준 변호사, 서승원 변호사, 곽시명 공인회계사