관세청, 과세자료 제출 불성실 업체 관세조사 시행

- 통관 단계에서 사전 확보한 과세자료를 바탕으로 특수관계에 따른 수입가격 왜곡 의심 업체 등 10개사 관세조사 착수, 과세자료 성실 제출 업체는 정기 관세조사 대상에서 제외하는 혜택 부여

I. 개요 

관세청은 과세자료를 부적정하게 제출하거나 정당한 사유 없이 제출하지 않는 업체를 대상으로 납세 제재 및 관세조사를 본격 실시한다고 밝혔습니다. 관세청은 지난해 9월, 세원 관리의 투명성을 제고하고 신고 오류를 조기 치유하기 위해 ‘과세자료 일괄 제출 제도*’를 시행하여 수입업체로 하여금 통관 단계에서 필수 과세자료를 제출하도록 하고 있습니다.

* 과세자료 일괄 제출 제도: 전년도 납부실적 5억 이상 업체 중 특수관계자 거래 등 과세자료 제출 8개 분야에 해당하는 경우 매년 최초 1회, 분야별 최소 1개의 과세자료를 제출하도록 한 제도(’25.9월 시행)

II. 주요 내용

1. 조사 배경 및 대상

제도 시행 이후 대부분의 대상 업체는 자료 제출 의무에 적극 응하고 있으나, 일부 업체는 과세자료를 부실하게 제출하거나 아예 제출하지 않은 것으로 확인되었습니다. 이에 관세청은 해당 업체들에 대해 월별 납부 혜택을 취소하는 등의 납세 제재를 적용하고, 특히 과세가격 왜곡 가능성이 높은 업체 10개사에 대해서는 관세조사에 착수할 예정입니다.

이번 조사는 서울본부세관에 신설(’26.2.)한 과세자료 정보분석 전담팀이 그간 축적한 신고 내용 및 과세자료 등을 종합적으로 분석한 결과를 토대로 추진됩니다. 조사 대상에는 ① 특수관계 거래 설명자료 등 제출된 과세자료가 부적정한 업체, ② 기존 관세조사에서 특수관계자 거래사실이 확인되었음에도 관련 과세자료를 제출하지 않은 업체, ③ 수입 통관 이후 세관으로부터 2차례에 걸쳐 과세자료 제출 의무 이행 요구를 받았음에도 정당한 사유 없이 이를 이행하지 않는 업체 등이 포함 되었습니다.

한편, 과세자료 제출의 중요성에 대한 시장의 인식을 제고하고 자발적인 성실 신고 문화를 정착시키기 위해, 가격 신고 및 과세자료 제출 의무를 성실히 이행한 저위험 업체는 정기 관세조사 선정 대상에서 제외하는 등 차등화된 관리 체계를 운영할 방침입니다. 하유정 관세청 심사국장은 “과세자료 일괄 제출 제도의 안정적인 정착과 공정한 과세질서 확립을 위해 제출된 자료의 적정성을 지속 점검하고, 불성실 제출 업체에 대해서는 엄정하게 대응할 것”이라고 밝혔습니다.

2. 월별 납부 혜택 취소 제재

관세청은 과세자료 부적정 제출 업체에 대해 월별 납부 혜택을 취소하는 납세 제재를 적용합니다. 월별 납부 혜택이란 관세청장이 정하는 요건을 갖춘 성실 납세자에게 납부기한이 동일한 달에 속하는 납세신고건의 세액을 해당 납부기한이 속하는 달의 말일까지 일괄하여 납부할 수 있도록 하는 제도로서, 납부기한이 15일에서 최대 45일로 연장되는 효과가 있습니다. 해당 혜택이 취소되면 자금 운용 측면에서 상당한 부담이 발생할 수 있습니다.

III. 시사점 및 대응방안

금번 관세청의 발표는 2025년 9월부터 시행된 ‘과세자료 일괄 제출 제도’의 실효성 확보를 위한 도구로 관세조사를 적극 활용하겠다는 정책의지를 명확히 보여주는 사례입니다. 특히 서울본부세관에 전담팀을 신설하여 과세자료를 체계적으로 분석하고, 그 결과를 관세조사로 직결하는 구조를 마련한 점은, 향후 통관 단계에서 제출된 자료가 조사 선정의 중요한 근거로 활용될 것임을 시사합니다.

기업 입장에서 특히 주목해야 할 점은 특수관계자 간 거래가격 결정 방법의 적정성입니다. 과세자료 일괄 제출 제도의 8개 분야에는 특수관계자 거래, 권리사용료, 수입물품 가격결정자료 등이 포함되어 있어, 다국적 기업의 그룹 내 거래 구조가 전면적으로 점검될 수 있습니다. 특히 이전가격(Transfer Pricing) 정책과 관세평가 간의 정합성을 사전에 점검해 둘 필요가 있습니다.

또한, 과세자료 부적정 제출 시 월별 납부 혜택 취소라는 즉시적 재정적 불이익이 발생하고, 나아가 관세조사 대상 선정으로까지 이어질 수 있다는 점에서, 과세자료 제출 의무를 단순한 행정적 절차로 가벼이 볼 수 없는 상황이 되었습니다. 관세조사의 경우 소급하여 5년 간의 모든 무역거래, 외환거래를 조사 대상으로 하기 때문에, 적절한 시기에 시정되지 않은 채 동일한 오류가 누적·반복되었을 경우 벌금, 과태료와 같은 제재의 수준이 감당하기 어려운 수준으로 높아지는 경우도 많습니다.

따라서 각 기업에서는 ① 과세자료 제출 대상 여부를 정확히 파악하고, ② 특수관계자 거래 설명자료 등을 사전에 정비하여 적정한 과세자료를 제출하며, ③ 이전가격 정책과 관세평가 간의 정합성을 점검하고, ④ 기존에 제출한 자료의 적정성을 재검토하는 등 선제적이고 체계적인 관세 컴플라이언스 체계를 구축할 필요가 있습니다. 특히 과세자료 제출 의무를 성실히 이행하면 정기 관세조사 대상에서 제외되는 인센티브가 있으므로, 이를 적극적으로 활용하는 것이 바람직합니다.

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법무법인(유한) 태평양은 관세, 외국환 및 무역 분야에서 20년 이상 업무경험을 쌓은 전문가들이 다수의 관세조사 외환검사 및 통상자문 등의 업무를 수행하고 있습니다. 또한 관세와 연관된 법률, 회계, 형사, 외환 전문가와 기업컨설팅 경험이 풍부한 전문위원이 실무 업무를 대응합니다. 

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관련 전문가: 주성준, 서승원 변호사, 곽시명 공인회계사