법무법인(유한) 태평양(이하 “BKL”)은 청구법인을 대리하여, 특수관계인에게 양도한 신주인수권부사채(BW)의 사후 주식전환이익을 양도법인이 분여한 이익으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 과세처분에 대하여, 조세심판원 합동회의 심리를 거쳐 법인세 부과처분과 소득금액변동통지를 전부 취소하는 결정을 이끌어 내었습니다.
이는 2019년 개정된 자본거래 부당행위계산부인 규정을 근거로 과세관청이 새롭게 시도한 과세에 제동을 건 사례로서, 자본거래와 손익거래의 구별 및 부당행위계산부인의 적용범위에 관하여 중요한 기준을 제시한 사례로 평가할 수 있습니다.
I. 사안의 개요
청구법인은 제3자가 발행한 신주인수권부사채(이하 “쟁점 BW”)를 취득한 직후 이를 특수관계인들(이하 “양수인들”)에게 매매예약을 통해 양도하였고, 양수인들은 이후 신주인수권을 행사하여 사채발행법인의 주식을 인수하였습니다.
처분청은 청구법인이 쟁점 BW 양도를 통해 양수인들에게 주식전환이익을 분여하였다고 보아 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호의2(이하 “쟁점 규정”)를 적용하여, 청구법인에 법인세를 부과하고 양수인들에게 소득금액변동통지를 하였습니다(이하 “본건 처분”).
II. 쟁점
본건의 핵심 쟁점은, 제3자가 발행한 BW를 취득하였다가 특수관계인에게 양도하였을 뿐인 법인에 대하여, 양도 이후 양수인들이 한 주식전환을 기준으로 자본거래를 통한 이익분여에 관한 쟁점 규정(또는 이에 준하는 같은 항 제9호)을 적용하여 과세할 수 있는지 여부입니다.
III. BKL의 대응
BKL은 청구법인을 대리하여 조세심판원에 심판청구를 제기하고, 부당행위계산부인 제도의 구조와 쟁점 규정의 문언 및 개정 연혁, 상속세 및 증여세법상 이익 산정 구조를 면밀히 분석하여, 쟁점 규정은 ‘자본거래’를 통한 이익분여에만 적용되고 그 해당 여부는 ‘행위 당시’를 기준으로 판단하여야 한다는 법리를 정치하게 전개하였습니다.
구체적으로 ① 처분청이 이익분여로 본 주식전환 당시 청구법인은 이미 쟁점 BW를 양도하여 거래관계에서 이탈하였고 그 상대방은 사채발행법인이었으므로 청구법인은 자본거래의 당사자도 손익의 귀속주체도 아니었던 점, ② 신주인수권의 행사 여부·시점은 양수인이 선택하는 것이어서 양도인이 관여할 수 없고, 쟁점 규정의 산식에 따르면 양도 이후의 주가상승분까지 양도인이 분여한 이익으로 의제되는 불합리가 있는 점, ③ 청구법인의 BW 양도는 손익거래일 뿐 자본거래가 아니므로 쟁점 규정은 물론 이에 준하는 같은 항 제9호도 적용될 수 없는 점을 논증하였습니다.
나아가 BKL은 처분청 논리의 실질이 ‘BW 양도’를 통한 이익분여라면 이는 거래조건이 확정된 매매예약 체결일을 기준으로 자산의 저가양도(같은 항 제3호)로 과세할 문제일 뿐이라는 점을 지적하여 과세논리 구성 자체의 오류 및 근본적 문제점을 효과적으로 전달하였습니다.
IV. 조세심판원의 결정
조세심판원은 합동회의 심리를 거쳐 2026. 10. 20. 본건 처분을 모두 취소하는 결정을 하였습니다(조심2025서2014).
구체적으로, 조세심판원은 쟁점 규정이 ‘자본거래’를 통한 이익분여에 적용되고 부당행위 여부는 행위 당시를 기준으로 판단하여야 하는데, 주식전환 당시 청구법인은 이미 쟁점 BW를 양도하여 그 상대방이 사채발행법인이었던 이상 청구법인이 자본거래를 직접 하였다고 보기 어렵고, 손익거래로 BW를 양도하였을 뿐인 법인은 쟁점 규정이나 같은 항 제9호의 적용대상이 될 수 없다고 판단하였습니다.
이러한 조세심판원의 논리는 BKL이 심판청구와 의견진술에서 제시한 주장의 요지를 사실상 그대로 받아들인 것입니다.
V. 시사점
본건은 2019. 2. 12. 개정된 쟁점 규정을 근거로, 과세관청이 BW의 양도와 그 이후의 주식전환을 하나의 거래로 묶어 양도법인에 자본거래 부당행위계산부인을 적용하려 한 새로운 과세 시도에 대하여 그 한계를 명확히 하였다는 점에서 법리적 의의가 큽니다.
부당행위계산부인은 본래 특수관계인과의 ‘거래’를 부인하여 소득금액을 재계산하는 제도인데, 주식전환 시점에는 청구법인과 양수인들 사이에 부인의 대상이 되는 ‘거래’ 자체가 존재하지 않았다는 점이 본건의 핵심입니다.
특히 조세심판원은 ① 부당행위계산부인은 ‘행위 당시’를 기준으로 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 적용되므로 기준시점과 거래 당사자를 엄격히 확인하여야 하고, ② 쟁점 규정의 성격이 포괄적이라고 하더라도 ‘자본거래’를 통한 이익분여에 한하여 적용되는 것일 뿐이며, ③ 제9호의 적용에도 이와 같은 한계가 있음을 분명히 하였습니다. 이는 부당행위계산부인의 적용범위에 관하여 향후 과세 실무와 조세쟁송에 중요한 기준이 될 것으로 기대됩니다. 아울러 조세심판관 합동회의라는 무게 있는 심리 절차에서 대리인의 법리 구성이 거의 그대로 채택되어 결정에 이르렀다는 점에서도 의미가 있습니다.
무엇보다 이러한 성과는 조세 리스크 통합 대응을 위해 2026년 4월 출범한 BKL 택스솔루션센터(센터장 조일영 변호사, 임재현 고문)의 효과적 대응에서 비롯되었습니다. 변호사·세무사·공인회계사·경제고문 등 다양한 직역으로 구성된 택스솔루션센터 전문가들은 사건 초기부터 함께 전략을 수립하고, 심판청구와 추가 항변 등 서면 논증, 조세심판관 합동회의 의견진술에 이르는 전 과정을 유기적으로 수행하였으며, 그 결과 법인세 부과처분과 소득금액변동통지 취소라는 결과를 이끌어낼 수 있었습니다.
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BKL 조세그룹은 조세자문 및 세무조사 대응, 조세불복 및 소송 전반에 걸쳐 통합 솔루션을 제공하고 있으며, 다양한 사례에서 고객에게 최적의 결과를 이끌어 내고 있습니다. 이와 관련하여 문의사항이 있으시면 언제든지 연락 주시기 바랍니다.
저자: 조일영 변호사, 조무연 변호사, 방진영 변호사
