상장법인 합병가액 산정기준이 ‘시가’에서 ‘공정가액’으로 바뀌면 기업은 무엇을 준비해야 하나?

I.    주요 내용

1.    가액 산정기준의 변경: 시가에서 공정가액으로

개정법은 합병, 분할(분할합병), 중요한 영업·자산의 양수도, 포괄적 주식교환·이전 등 조직개편행위(이하 '합병 등')의 가액을 주식가격, 자산가치, 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 산정된 공정한 가액으로 결정하도록 하였습니다(개정법 제165조의4 제1항). 이 원칙은 계열회사 간 거래에 한정되지 않고 비계열회사와의 합병 등에도 적용됩니다. 

자산가치는 순자산을 발행주식총수로 나누어 산정하고, 수익가치는 현금흐름할인모형(DCF) 또는 배당할인모형(DDM) 등을 적용하여 합리적으로 산정한 미래 수익가치를 의미합니다. 이로써 시장가격뿐만 아니라 기업의 실질적인 내재가치가 조직개편 가액에 반영됩니다.

2.    주식매수청구 가격 산정방법의 개선

합병 등에 반대하는 주주의 주식매수청구 가격도 공정가액의 도입취지를 반영하여 개선되었습니다. 주주와 법인 간 협의가 이루어지지 않는 경우 종전에는 시가를 기준으로 매수가격을 정하였으나, 개정법 하에서는 이사회가 대통령령으로 정하는 절차와 방법에 따라 주식가격·자산가치·수익가치 등을 종합적으로 고려하여 매수가격을 산정하여야 합니다(개정법 제165조의5 제3항 단서). 

이는 합병가액과 주식매수청구 가격의 산정기준을 일치시켜 반대주주 보호의 공백을 없애기 위한 것이며, 산정된 매수가격에 반대하는 주주가 법원에 매수가격의 결정을 청구할 수 있는 권리는 그대로 유지됩니다.

3.    이사회 검토·외부평가 의무의 법률 상향과 외부평가 독립성 강화

합병 이사회는 합병 등을 결의하는 경우 그 목적, 기대효과, 가액의 적정성 등에 대한 의견서를 작성·공시하여야 하고(개정법 제165조의4 제2항), 외부평가기관으로부터 가액과 거래조건의 적정성 등에 대한 평가를 받아 그 결과를 공시하여야 합니다(같은 조 제3항). 

종전에 시행령(제176조의5 제6항)과 하위규정으로 규정되어 있던 이사회 의견서 제도를 법률로 상향하고, 외부평가는 평가에 그치지 않고 공시까지 요구하여 규범력을 높였습니다. 

특히 계열회사 간 합병 등의 경우에는 외부평가기관을 감사 또는 감사위원회가 직접 선정하도록 하였는데(같은 조 제4항), 외부평가기관 선정에 대하여 감사의 동의 또는 감사위원회의 의결을 요구하던 종전 시행령 규정보다 선정 주체 자체를 이전시켜 외부평가의 독립성을 한층 강화하였습니다.

4.    특별이해관계 공시 신설

계열회사 간 합병 등의 경우 공정거래법상 특수관계인(가족·친인척, 지배회사, 계열회사, 임원, 사실상 지배자 등)과 상대 법인 간의 이해관계(채무보증, 담보제공, 임원겸직 등)를 추가로 공시하여야 합니다(개정법 제165조의4 제6항). 이는 지배주주와 일반주주 간 정보 비대칭을 해소하기 위한 것입니다.

5.    위반 시 금융위원회의 조치 사유 추가

주권상장법인이 이사회 의견서 작성·공시, 외부평가기관 선정, 이해관계 공시, 매수가격 산정에 관한 규정을 위반한 경우가 금융위원회의 조치 사유로 추가되었습니다(개정법 제165조의18). 

금융위원회는 그 이유를 제시한 후 위반 사실을 공고하고 정정을 명할 수 있으며, 필요한 때에는 임원의 해임 권고, 일정 기간 증권의 발행 제한 등의 조치를 할 수 있습니다(개정법 제165조의18). 공정가액 산정과 절차적 의무가 행정제재로 직접 뒷받침되는 구조가 마련된 것입니다.

II.    ‘공정가액’ 도입으로 무엇이 바뀌나? – 개정안의 시사점 및 유의점

1.    종전 기준과 개정 기준 중 어느 기준이 적용되는가? : 이사회 결의 시점의 중요성

개정법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행되고(부칙 제1조), 합병 등의 가액 산정에 관한 제165조의4와 주식매수청구 가격에 관한 제165조의5 제3항의 개정규정은 시행 이후 합병 등에 관한 이사회 결의를 하는 경우부터 적용됩니다(부칙 제2조·제3조). 시행일 전에 이사회 결의를 마친 거래에는 종전 규정이 적용됩니다. 

따라서 연내 계열회사 간 합병·분할을 계획 중인 상장법인은 공포일이 확정되는 즉시 시행일을 역산하여, 종전 기준시가 방식에 따라 거래를 완결할 것인지 아니면 개정법 체제에서 공정가액 산정·외부평가 절차를 갖추어 추진할 것인지를 이사회 결의 시점 기준으로 결정하여야 합니다. 시행일 직전의 이사회 결의는 제도 회피 논란과 주주 반발을 부를 수 있으므로, 거래의 명분과 일정의 정합성을 함께 검토할 필요가 있습니다.

2.    이사회는 공정가액 산정의 근거와 절차를 어떻게 갖추어야 하는가?

종전에는 시행령 산식에 따라 합병가액을 산정하면 적법성 시비가 사실상 차단되었으나, 개정법 하에서는 이사회가 시가·자산가치·수익가치를 어떻게 형량하여 공정가액에 이르렀는지 자체가 다툼의 대상이 됩니다. 

이사회 의견서와 외부평가서는 공시자료로서 일반주주가 합병의 타당성을 판단하고 2025. 7. 22. 시행된 개정 상법상 이사의 주주에 대한 충실의무(상법 제382조의3)와 결합하여 권리구제에 활용할 수 있는 자료가 되므로, 사후 책임 추궁의 근거로 원용될 가능성에 대비하여야 합니다. 

계열회사 간 합병을 추진하는 이사회는 평가방법 선택의 근거, 상대회사 선정 경위, 예상되는 긍정적·부정적 효과, 반대 이사의 사유를 의사록과 의견서에 구체적으로 기록하여야 합니다. 특히 계열회사 간 합병 등에서는 감사 또는 감사위원회가 외부평가기관 선정의 주체가 되므로, 감사위원회 규정에 평가기관 후보의 심사 기준과 선정 절차, 독립성 검증 항목을 시행일 전까지 마련하여야 하고, 이들 절차의 위반은 금융위원회의 정정명령·임원 해임 권고·증권발행 제한 조치의 대상이 될 수 있다는 점(개정법 제165조의18)에서 절차 위반의 비용이 종전보다 실질화되었습니다. 

절차 설계 시에는 법무부가 2026. 2. 25. 공개한 「기업 조직개편 시 이사의 행위규범 가이드라인」이 제시하는 특별위원회의 설치·운영, 독립적 외부전문가의 검토, 주주에 대한 충실한 정보 제공을 공정가액 소명 체계의 준거로 활용할 수 있습니다. 

비록 국회 심사 과정에서 불공정 합병가액에 대한 별도의 손해배상 책임 조항은 기업 구조조정 위축 우려로 최종안에서 제외되었으나, 여전히 상법상 이사 책임청구나 합병무효의 소제기 등 주주 등 이해관계인의 이슈제기가 불거질 수 있습니다. 

현행 자본시장법 적용 당시 주주들이 합병 시점의 시장주가가 저평가되었다는 이의를 제기한 것과 마찬가지로, 시장주가와 비교하여 공정가액이 상당히 낮게 산정되는 경우 주주들이 이의를 제기할 수 있으므로, 합병당사의 이사회에서는 법령상 규정된 필수적인 절차(외부평가, 공시) 외에도 주주들의 설득을 위한 구체적인 근거를 마련해야 할 것으로 예상됩니다. 합병비율 산정에 관한 대법원의 엄격한 판단 기준(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다64136 판결 등)이 공정가액 체제에서 어떻게 변용될지, “전체 주주의 이익을 공평하게 대우”할 것을 명기한 이사의 충실의무 조항(상법 제382조의3) 개정과 맞물려 법원이 ‘공정가액’에 대한 이사 책임을 어떻게 판단할지 면밀한 대응이 필요할 것으로 보입니다.

3.    주식매수청구권의 매수가격과 행사 규모를 어떻게 예측하고 대비해야 하는가?

주식매수청구 가격 역시 공정가액의 취지를 반영한 방식으로 변경됨에 따라, 합병가액뿐만 아니라 반대주주에게 지급될 매수가격을 둘러싼 가치평가 분쟁도 증가할 것으로 예상됩니다. 이사회가 산정한 매수가격에 반대하는 주주는 법원에 매수가격의 결정을 청구할 수 있고, 대법원은 시장주가가 합병의 영향을 받은 경우 이를 배제하고 공정한 가액을 산정하여야 한다는 입장이므로, 산정 근거가 부실한 매수가격은 법원 단계에서 상향 조정될 위험이 있습니다. 

따라서 이사회가 산정하는 매수가격은 합병가액 산정 근거와 정합성을 갖추어야 하고, 산정 근거가 미흡하면 반대주주의 주식매수가격 결정신청과 이사의 충실의무 위반 문제가 생길 수 있습니다.

특히 주식매수청구권 행사 규모가 큰 거래에서는 매수가격 수준에 따라 소요 자금 규모가 크게 달라질 수 있으므로, 거래구조 수립 단계부터 예상 행사 규모와 매수가격 범위를 복수의 시나리오로 검토하고 매수대금 조달 계획을 함께 수립하여야 합니다. 

종전에는 매수가격이 법정 산식에 따라 사전에 확정되어 예측이 비교적 용이하였으나, 개정법 하에서는 자산가치·수익가치가 반영되어 매수가격이 시가와 괴리될 수 있고, 주가가 저평가된 시기일수록 매수가격이 시가를 상회하여 반대주주의 행사 유인이 커질 수 있어 행사 규모 예측의 불확실성도 확대됩니다. 이에 대비하여 합병계약 체결 시 주식매수청구권 행사 규모가 일정 한도를 초과하는 경우의 계약 해제 또는 거래조건 변경 조항을 두고, 그 한도를 매수가격 시나리오와 연동하여 설정할 필요가 있습니다.

4.    계열회사 간 합병 시 강화되는 공시에 어떻게 대비해야 하는가?

계열회사 간 합병 시 특수관계인과 상대 법인 간 채무보증·담보제공·임원겸직 등의 공시가 의무화되므로, 공시대상기업집단 소속 상장법인의 법무·공시 부서는 계열회사별 채무보증·담보·겸직 현황을 상시 집계할 수 있는 데이터 체계를 하위규정 확정 전까지 구축하여야 합니다. 공정거래법상 기업집단 공시 자료와의 정합성 점검도 병행할 필요가 있습니다. 

이해관계 공시 의무 위반은 금융위원회의 조치 사유로 추가되어 있으므로(개정법 제165조의18), 공시 누락이나 부실 기재는 위반 사실의 공고와 정정명령, 임원 해임 권고, 일정 기간 증권 발행 제한으로 이어질 수 있습니다. 나아가 하위규정에서 이해관계 공시가 합병 증권신고서·주요사항보고서의 기재사항으로 구체화되는 경우, 거짓 기재나 기재 누락은 금융위원회 조치를 넘어 증권신고서 부실기재에 따른 손해배상책임·과징금 등 발행공시 책임 문제로 확대될 수 있습니다. 공시 누락 사실이 사후에 드러나면 일반주주가 합병 절차의 공정성을 다투거나 이사의 충실의무 위반을 주장하는 근거로 원용할 수 있으므로, 이해관계 공시의 완전성은 거래 자체의 법적 안정성과 직결됩니다.

공시 대상 정보의 상당 부분이 회사가 아닌 특수관계인 개인의 영역에 있으므로, 이를 수집하려면 특수관계인에 대한 협조 요청 절차와 개인정보 처리의 법적 근거를 사전에 마련하여야 합니다. 공정거래법상 기업집단현황공시·대규모내부거래 공시 및 공정거래위원회 제출 지정자료와 자본시장법상 공시 내용이 불일치하면 그 자체가 조사·제재의 단서가 될 수 있으므로, 자본시장법 공시와 공정거래법 공시를 단일한 데이터 원천에서 관리하는 체계를 갖추는 것이 안전합니다.

5.    시행령 등 하위규정의 제정 과정에서 무엇을 주시해야 하는가?

시가·자산가치·수익가치의 가중방법, 외부평가기관의 자격·절차, 이사회 의견서 기재사항 등 제도의 실질은 시행령과 「증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정」 개정으로 구체화됩니다. 금융위원회는 시행 전까지 하위규정을 정비할 계획이므로, 조직개편을 준비 중인 기업은 입법예고 시 평가방법의 유연성(업종 특성 반영, 수익가치 산정모형의 선택권 등)에 관한 의견 제출 여부를 검토할 수 있습니다.

아울러 국회 심사 과정에서 논의되었던 ① 불공정한 가액에 대한 법인·이사·감사의 연대 손해배상책임(증명책임 전환 포함), ② 공정가액이 순자산가치에 미달하는 경우 순자산가치를 공정가액으로 간주하는 규정, ③ 이해관계 없는 주주의 승인(소수주주 다수결) 요건은 위원회 대안에서 제외되었으나, 향후 재입법이 추진되거나 하위규정에 관련 내용이 반영되는지 등의 후속 입법 동향을 주시할 필요가 있습니다.

III.    WHY BKL?

이번 개정으로 상장회사의 합병 등 조직개편에서는 공정가액의 산정 근거와 이사회 의사결정 과정을 향후 분쟁에서도 설명할 수 있도록 설계·기록하는 것이 더욱 중요해질 것으로 예상됩니다. 

BKL은 풍부한 자본시장 관련 자문 및 송무 경험을 바탕으로, 공정가액 산정, 외부평가 및 이사회 의사결정 등 거래 단계의 주요 쟁점을 향후 가치평가 분쟁, 합병무효 및 이사 책임 등 소송 가능성까지 고려하여 종합적으로 자문하고 있습니다. 합병·분할·주식교환 등 조직개편 및 이번 자본시장법 개정과 관련하여 BKL의 지원이 필요하시거나 문의사항이 있으시면 아래 전문가에게 언제든지 연락주시기 바랍니다.

저자: 김상철 변호사, 김형우 변호사, 고지훈 변호사, 서동후 변호사, 김지운 변호사