한국철도공사는 2008년 노인·장애인 등에 대한 철도운임 감면과 철도 이용수요가 적은 벽지노선 운영 등의 공익서비스를 제공하고 국토교통부로부터 공익서비스 보상액 약 2,661억 원을 지원받았습니다. 과세관청은 위 공익서비스 보상액이 한국철도공사가 공익서비스라는 비과세용역을 제공하고 그 대가로 지급받는 수입금액이라고 보고, 한국철도공사가 위 공익서비스 보상액을 부가가치세 공통매입세액 안분계산 시 총공급가액 및 면세(비과세)공급가액에 포함시키지 아니하여 매입세액이 과다하게 공제되었다는 이유로 약 57억 원의 부가가치세를 부과하였습니다.

제1심 및 제2심은 과세관청의 주장을 받아들여 원고 패소 판결을 선고하였으나, 대법원은 공익서비스 용역을 공급받는 상대방은 철도이용자이고, 공익서비스 보상액은 그 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당하므로, 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없다고 보아 공통매입세액 안분계산 시 총공급가액 및 면세(비과세)공급가액에 포함될 수 없다는 취지로 원심판결을 파기·환송하였습니다(대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결).

위 판결은 공공기관들이 공익서비스를 제공하고 국가나 지방자치단체 등으로부터 지급받은 보상액은 특별히 용역의 대가로 볼 수 없는 이상 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하므로 공통매입세액 안분계산 시에도 총공급가액 및 면세(비과세)공급가액에 포함되지 아니한다는 점을 명확히 하였습니다. 이러한 법리는 다른 국고보조금 관련 사업에도 적용될 수 있을 것으로 보입니다.

법무법인(유한) 태평양의 조세팀은 위 사건에서 한국철도공사를 대리하여 부가가치세법상 국고보조금에 관한 기존의 판례와 예규, 논문 등을 상세히 연구한 후, 한국철도공사가 지급받은 공익서비스 보상액의 성질 및 대가성에 관한 치밀한 분석을 통하여 공익서비스 보상액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다는 점을 논증함과 동시에 과세관청이 주장하는 과세논리의 문제점을 조목조목 비판함으로써 결국 원고 승소 취지의 대법원 판결을 이끌어 내었습니다.