2026년 정부 세제개편안 – 자기주식 관련 개정사항

재정경제부는 2026년 8월 3일 「2026년 세제개편안」을 발표하였습니다.

이번 세제개편안에는 2026년 3월 6일 공포·시행된 제3차 상법 개정에 따른 자기주식 제도 변화에 맞추어, 자기주식 취득·처분에 관한 세법상 과세체계를 정비하는 내용이 포함되어 있습니다.

세제개편안이 정부안대로 시행되는 경우 법인의 자기주식 취득은 주주 단계에서 원칙적으로 의제배당으로 과세되고, 법인이 보유한 자기주식의 처분손익은 세무상 손익에서 제외될 예정입니다. 이에 따라 비상장법인의 개인 대주주를 중심으로 세부담이 증가할 수 있고, 자기주식을 보유하거나 관련 거래를 계획 중인 기업도 거래구조와 실행시기에 따른 과세문제를 재검토할 필요가 있습니다. 이에 본 뉴스레터에서는 제3차 상법 개정 내용, 2026년 세제개편안 중 자기주식 관련 과세체계 개편의 주요 내용과 그 시사점에 대하여 안내하고자 합니다.

아래 내용은 2026년 8월 3일 발표된 정부 세제개편안을 기준으로 작성된 것으로, 향후 국회 심의 및 시행령 등 하위법령 개정 과정에서 구체적인 내용과 적용시기가 변경될 수 있습니다. 아래 내용과 관련하여 문의사항이나 저희의 도움이 필요하신 부분이 있다면 마지막 페이지의 연락처로 연락주시기 바랍니다.

I.    제3차 상법개정 내용 

개정 상법은 회사가 취득한 자기주식을 원칙적으로 취득일부터 1년 이내에 소각하도록 하고, 기존 보유 자기주식에는 2027년 9월 6일까지 유예기간을 부여하였습니다. 임직원 보상 등 법정 예외에 해당하는 경우에는 일정한 절차를 거쳐 자기주식을 보유·처분할 수 있으며, 합병·분할 과정에서 자기주식에 대한 신주배정은 제한됩니다.

(1)    자기주식 소각 의무화 

-    회사가 취득한 자기주식은 원칙적으로 취득일부터 1년 이내에 소각하도록 의무화되었습니다.
-    개정 상법 시행 전 취득한 기존 자기주식에는 2027년 9월 6일까지 유예기간이 부여되었습니다.

(2)    예외적 자기주식 보유, 처분 등

-    임직원 보상 등 법정 예외에 해당하는 경우에는 일정한 절차를 거쳐 예외적으로 자기주식의 보유·처분이 허용될 수 있습니다. 예외적으로 자기주식을 보유하거나 처분하는 회사는 자기주식보유처분계획서를 작성하여야 하며, 이사 전원의 기명날인 및 매년 주주총회 승인 등 법령상 절차를 준수하여야 합니다.

(3)    합병/분할시 자기주식에 대한 신주배정 금지 

-    합병·분할 과정에서 자기주식에 대한 신주배정은 제한되는데, 이는 자기주식을 미발행주식과 유사하게 취급하는 개정 취지에 따른 것입니다.

II.    세법 개정의 필요성  

현행 세법상 자기주식 취득이 자본의 환급에 해당하면 주주 단계에서 의제배당으로 과세하고, 실질적인 주식 매매 거래에 해당하면 양도소득으로 과세하여 왔습니다. 대법원도 취득 목적, 거래 경위 및 취득 후 처리 등 구체적인 사실관계를 종합하여 거래의 실질을 판단하여야 한다는 입장을 취해 왔습니다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두27091 판결 등). 그러나 이러한 판단은 개별 사실관계에 크게 의존하여 과세관계를 사전에 예측하기 어렵다는 문제가 있었습니다.

정부는 개정 상법 및 자기주식을 자본조정 항목으로 처리하는 기업회계기준과의 정합성을 확보하기 위하여 자기주식 과세체계를 개편할 예정입니다. 특히 회사가 취득한 자기주식은 원칙적으로 소각하도록 한 개정 상법에 맞추어 세법상 과세체계도 조정할 필요가 있습니다.

III.    2026년 세제 개편안  

자기주식 과세체계 개편과 관련한 주요 개정 내용은 다음과 같으며, 2027년 1월 1일 이후 자기주식 취득분부터 적용될 예정입니다.

(1)    주주 단계: 의제배당 과세 원칙

-    법인이 자기주식을 취득하는 경우 자기주식의 취득 목적과 관계없이 해당 주식을 양도한 주주에게는 원칙적으로 의제배당으로 과세할 예정입니다. 이에 따라 회사가 자기주식을 소각하지 않고 임직원 보상이나 기타 경영상 목적으로 보유하려는 경우에도 주주 단계에서는 원칙적으로 배당소득이 발생하게 됩니다.

-    의제배당의 귀속시기는 법인이 자기주식 취득대금을 지급한 날로 정할 예정입니다.

(2)    장내거래 예외

-    거래소 및 대체거래시스템(ATS)을 통한 일반적인 장내거래는 예외적으로 주식 양도거래로 취급되어 양도소득으로 과세할 예정입니다. 다만 시간외 대량매매 및 바스켓매매는 형식상 장내거래에 해당하더라도 의제배당으로 과세될 예정이므로, 상장회사의 자기주식 취득에서는 구체적인 거래방식을 확인할 필요가 있습니다.

(3)    이중과세 조정

-    이익소각 목적의 자기주식 취득에 대해서만 수입배당금 익금불산입 및 배당가산(Gross-up) 등 이중과세 조정을 적용할 예정이며, 이익소각 외의 목적으로 취득하는 경우에는 원칙적으로 이러한 조정을 적용하지 않을 예정입니다. 다만 이익소각 목적의 구체적인 범위와 판단기준은 향후 확정 법률 및 시행령을 확인할 필요가 있습니다.

(4)    법인 단계: 자기주식 처분손익 비과세

-    법인이 보유한 자기주식을 처분하는 경우 발생하는 손익은 세무상 손익에서 제외할 예정입니다. 즉, 자기주식 처분이익은 익금불산입하고 처분손실은 손금불산입합니다. 이는 자기주식 처분을 일반적인 자산 양도가 아니라 주식 발행과 유사한 자본거래로 취급하는 것으로, 기업회계와 세무처리 간 정합성이 높아질 것으로 예상됩니다.

IV.    각 당사자별 세법 개편안의 영향

각 당사자별 세법 개편안에 따른 영향은 다음과 같습니다.

(1)    개인주주의 세금 변화

개편안의 영향은 특히 비상장법인의 개인 대주주에게 크게 나타날 수 있습니다. 종전에는 자기주식 취득이 실질적인 주식 매매로 인정되는 경우 양도소득세가 적용될 수 있었으나, 개편안에 따르면 원칙적으로 배당소득으로 과세됩니다.

비상장주식 양도에는 사안에 따라 지방소득세를 포함하여 통상 11%에서 27.5%의 세율이 적용될 수 있는 반면, 배당소득은 다른 종합소득과 합산되어 지방소득세를 포함한 최고 49.5%의 세율이 적용될 수 있습니다. 다만 다른 이자·배당소득과 합산한 연간 금융소득이 2,000만 원 이하인 경우에는 일반적으로 15.4%의 원천징수로 과세가 종결될 수 있고, 금융소득종합과세 기준금액을 초과하면 다른 종합소득과 합산하여 누진세율이 적용됩니다. 

상장주식의 일반적인 장내거래는 종전과 동일하게 양도거래로 취급될 예정이나, 비상장주식의 거래, 상장주식의 공개매수·장외거래 및 시간외 대량매매 등을 통한 자기주식 거래에 대하여는 의제배당 과세대상이 될 수 있으므로 거래방식별 세무효과에 대한 검토가 필요합니다.

(2)    법인주주의 세금 변화

법인주주의 경우 배당소득과 주식 양도차익이 모두 원칙적으로 법인세 과세소득에 포함되므로, 소득구분 변경만으로 개인주주와 같은 수준의 세부담 차이가 발생하지는 않을 수 있습니다. 다만 이익소각 목적의 자기주식 취득으로서 수입배당금 익금불산입이 적용되는 경우에는 출자비율 등에 따라 세부담이 감소할 가능성이 있습니다. 따라서 법인주주는 자기주식 취득이 이익소각에 해당하는지, 출자비율 및 수입배당금 익금불산입 요건을 충족하는지를 함께 검토할 필요가 있습니다.

(3)    자기주식 취득법인

자기주식 처분손익이 세무상 손익에서 제외됨에 따라 기업회계와 세무처리의 차이가 축소되고 세무조정도 단순화될 것으로 예상됩니다. 다만 개정 상법상 예외적인 사유로 장기간 자기주식을 보유하다가 처분하는 경우에도 처분이익이 비과세되는 결과가 발생할 수 있어, 향후 입법 또는 해석상 추가적인 보완 여부를 확인할 필요가 있습니다.

V.    실무상 고려 사항 및 쟁점사항

금번 세제 개편안과 관련하여 실무상 고려할 사항 및 대응 방향은 아래와 같습니다.

(1)    기존 보유 자기주식

세제개편안은 2027년 1월 1일 이후 취득분부터 적용될 예정이므로, 2026년 12월 31일 이전 취득한 자기주식에는 원칙적으로 종전 규정이 적용될 것으로 예상됩니다. 다만 종전에 매매·처분 목적으로 취득한 자기주식을 개정 상법에 따라 소각하는 경우, 사후적인 소각을 이유로 당초 거래를 소각 목적 취득으로 재분류할 수 있는지가 문제될 수 있습니다.

기존 판례가 취득 당시의 목적과 거래 실질을 중심으로 판단하고 있다는 점을 고려하면, 상법 개정에 따른 의무소각만으로 당초 거래의 과세관계가 소급하여 변경된다고 단정하기는 어렵습니다. 그러나 과세관청의 공식적인 입장이 아직 명확하지 않으므로, 기존 자기주식을 보유한 기업은 다음 자료를 점검·보관할 필요가 있습니다.

-    자기주식 취득 당시의 이사회 의사록
-    자기주식 취득·처분계획
-    취득 목적을 설명하는 공시 및 내부자료
-    취득 후 실제 보유·관리 및 처분 검토 내역

만약 당초 거래가 소급하여 의제배당으로 재분류되는 경우에는 단순한 소득구분 변경 외에도 다음과 같은 연쇄적인 세무상 문제가 발생할 수 있습니다.

-    비상장주식 평가액 재산정에 따른 증여세 문제
-    특수관계인 거래에 대한 부당행위계산부인
-    소득 귀속시기 변경
-    업무무관가지급금 및 인정이자 과세

따라서 기존 자기주식을 보유한 기업은 취득 당시의 목적과 경위를 입증할 수 있는 자료를 사전에 정리·보관할 필요가 있습니다.

(2)    세부 기준이 필요한 사항

정부안만으로는 다음 사항의 구체적인 세무처리가 명확하지 않으므로, 향후 확정 법률, 시행령 및 과세관청의 해석을 확인할 필요가 있습니다.

-    임직원 보상 등 예외적 보유 자기주식의 세무처리
-    예외적 보유 자기주식의 처분을 자본거래로 볼 수 있는 범위
-    비상장주식 평가 시 자기주식의 순자산가액 및 발행주식총수 반영방법
-    합병·분할 시 자기주식 신주배정 금지와 세법상 적격요건의 관계
-    자기주식 교부형 주식보상의 비용 및 임직원 소득구분
-    이익소각의 정의와 이중과세 조정의 구체적인 적용요건

특히 비상장주식 평가 과정에서 자기주식을 순자산가액 및 발행주식총수에서 제외하는 경우 1주당 평가액이 상승할 수 있으므로, 상속·증여나 특수관계인 간 주식거래를 계획하는 기업은 그 영향을 사전에 검토할 필요가 있습니다.

(3)    기업의 우선 점검사항

자기주식을 보유하거나 관련 거래를 계획 중인 기업은 다음 사항을 우선적으로 점검할 필요가 있습니다.

-    기존 자기주식의 취득시기, 취득목적 및 관련 증빙
-    개정 상법상 소각기한 및 예외적 보유 가능 여부
-    2026년과 2027년 이후 거래의 과세 차이
-    개인주주와 법인주주별 예상 세부담
-    비상장주식 평가 및 조직재편에 미치는 영향
-    임직원 주식보상제도의 상법·세법상 적정성

VI.    결론  

이번 세제개편안은 자기주식 취득 목적을 둘러싼 기존의 과세 불확실성을 줄이고, 개정 상법 및 기업회계와 세법 간 정합성을 확보하려는 데 의미가 있습니다. 다만 비상장법인의 개인 대주주에게는 종전 양도소득 과세가 의제배당 과세로 변경됨에 따라 세부담이 증가할 수 있습니다.

또한 기존 보유 자기주식, 예외적 보유·처분, 비상장주식 평가 및 임직원 주식보상 등에 관한 세부 기준은 여전히 명확하지 않습니다. 따라서 기업 및 주주는 확정 법률과 시행령 개정 동향을 지속적으로 모니터링하는 한편, 현재 보유 중인 자기주식과 향후 예정된 거래에 대한 법률·세무상 영향을 선제적으로 검토할 필요가 있습니다.
 

저자: 조학래 회계사, 김영훈 회계사